Negga có mối quan hệ với nam diễn viên Dominic Cooper bắt đầu vào năm 2010. Họ gặp nhau lần đầu tiên vào năm 2009 khi cùng làm việc trong một phiên bản chuyển thể của Phèdre với Helen Mirren. Hai người sống cùng nhau ở đồi Primrose của London.[10][19] Cặp đôi hẹn hò trong sáu năm; tuy nhiên, Negga đã chỉ ra rằng phải mất nhiều năm báo chí mới biết về cuộc chia tay, lần đầu tiên được báo cáo vào tháng 4 năm 2018.[20][21] Negga đáng chú ý là ngôi sao đối diện với Cooper trong Preacher của AMC, trong đó cặp đôi này thể hiện người yêu, và đã nói rằng họ là "những người bạn tốt nhất".[21]